基金办决定不予受理的，应当通过依托单位告知申请人，说明理由。申请人对不予受理决定有异议的，可以自收到决定之日起15日内，通过依托单位以书面形式向基金办提出复审申请。基金办应当自收到复审申请之日起15日内完成复审。认为项目申请属于不予受理情形的，予以维持，并通过依托单位书面告知申请人；认为项目申请符合受理条件的，撤销原决定。

自然科学基金资助项目实行公告异议制度。基金办应当将基金委确定的拟资助项目名称、项目申请人基本情况、依托单位名称、资助的经费数额等情况，在市科学技术行政部门指定的媒体上公布，接受社会监督。公告期为30日。认为资助项目有弄虚作假等情形的，可以在公告期内向基金委提出异议，基金委应当在60日内核查处理。 基金办应当将资助决定告知依托单位和申请人。对决定不予资助的，应当说明理由。 基金办应当向申请人反馈专家评审意见。