北京市自然科学基金（以下简称市自然科学基金）于1990年10月30日设立。市自然科学基金坚持目标导向和自由探索“两条腿”走路，坚持聚焦国家战略、聚焦北京需求、聚焦发展前沿，坚持支持基础、支持原创、支持青年。形成了相对完善的资助体系，包括自由探索与跨学科交叉类、需求导向类、青年人才培养类、国际合作交流类等4大类资助类型。布局数理、化学材料、工程、信息、生物、医药、农业、城建环境和管理等9大学科，涵盖了21个亚学科。拥有规范的评审流程、专业的评审专家库和高效的信息化系统，实现“管理制度化、制度流程化、流程信息化”。市自然科学基金不断深化体制机制改革，探索形成多方力量投入基础研究的联合基金“北京模式”，持续支持青年人才挑大梁、担重任，逐步完善对青年优秀人才的发现、培养体系，在市自然科学基金项目中全面实行经费使用“包干制+负面清单”管理，赋予项目负责人经费使用自主权，为科研人员减负松绑。