十年来，北京市不断深化科研经费改革，着力破除体制机制障碍，最大限度赋予科研人员更大的人财物自主支配权。
2021年，北京市自然科学基金专项、科技新星计划专项和独立法人研发机构科技专项三类项目纳入“包干制”试点，越来越多的科研人员摆脱繁琐的财务事物，专心投入科研主责主业，打通了“减负松绑”的“最后一公里”。
2022年，北京市自然科学基金14家试点依托单位共提出2023年度市基金各类项目申请2372项，仅无需编制预算一项，就至少节省2372天的申报时间，减少经费调整次数200余次。超过80项试点项目因“特事特办、随到随办”的采购机制解决了燃眉之急。
步履不停 激发北京科技创新活力
近年来，北京市持续探索推出科技经费管理改革的政策和措施，平均每2—3年启动一轮科研经费管理改革，很多改革内容在全国属于首创。
2010—2013年，北京市在全国率先启动了科技项目间接经费试点，发挥中关村“先行先试”制度优势。从《中关村国家自主创新示范区科技重大专项项目（课题）经费间接费用列支管理办法（试行）》《中关村国家自主创新示范区科技重大专项资金试点管理办法》，到《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》，科研项目经费走向全面采用直接—间接费用管理模式。
2014—2015年，北京市启动科技经费管理系统性改革，修订印发了《北京市科技计划项目（课题）经费管理办法》，在间接费核定比例等方面突破力度更大。
2016—2018年，北京市全面推动 “放管服”改革落地，出台《北京市关于进一步完善财政科研项目和经费管理的若干政策措施》（简称“28条政策”），积极推出“松绑+激励”的科技经费管理措施，相继出台一系列改革措施确保“28条政策”全面落地。
2019—2020年，北京市进一步加大改革力度，推动完善以信任为前提的科研管理机制，发布了《关于新时代深化科技体制改革加快推进全国科技创新中心建设的若干政策措施》，在开展科研项目经费“包干制”试点等方面提出了新的改革突破。
2021年，国务院办公厅《关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》提出扩大经费“包干制”实施范围。北京市先后出台政策，将市自然科学基金专项、科技新星计划专项和独立法人研发机构科技专项三类科研项目纳入财政科研项目经费“包干制”试点，使“包干制”试用范围更广、力度更大。
减负松绑 助推科研工作提质增效
“包干制”从预算编制、经费拨付和使用、审计监督等各环节进行了“全链条式放权”，彻底把时间“还”给科研人员，让科研人员从各类报表中解放出来，专心致志地开展科研工作。
“包干制”试点开展后，科研人员可以自主决定经费使用，明确责权边界，建立项目经费的“负面清单”和监督评估管理措施，做到了以需求为导向，把经费花到需要的地方。北京大学第三医院泌尿外科主任医师卢剑是北京市自然基金项目“包干制”试点第一批“吃螃蟹的人”。他表示，得益于“包干制”，团队不仅构建了多中心、大样本的国人前列腺癌多组学数据库，还在前列腺癌影像检测新理论和人工智能辅助诊疗新技术方面取得较好成果。
北京交通大学是北京市自然基金“包干制”试点单位之一。张淳杰教授表示，“包干制”中“特事特办、随到随办”的采购机制和简化了的审批流程，使团队顺利购买到项目所需的硬件设备，提高了研发工作效率。2022年获得欧洲计算机视觉会议举办的DeeperAction挑战赛冠军。
强化红线 打好科研生态组合拳
2016年，北京市政府联合北京大学支持中国科学院院士、北京大学纳米科技研究中心主任刘忠范牵头成立北京石墨烯研究院，开展石墨烯关键共性技术及工程化攻关。
北京市科委、中关村管委会负责人介绍，北京石墨烯研究院正式运行时，北京市设置了独立科技专项，逐年滚动支持研究院开展技术攻关、人才培养、平台搭建，打造坚实的石墨烯优势基础，保障研究院发展“生命线”，让科研人员得以持续、稳定地开展研究工作。
刘忠范介绍，市科委、中关村管委会将项目选择权交给了研究院，只按“负面清单”进行管理。研究院不需要将每个项目都向市科委、中关村管委会进行申请，也不再需要单独编制预算，而是可以按研究发展方向进行总体布局，改变了过去有可能存在的研究碎片化的问题。
2023年3月，北京石墨烯研究院首轮“包干制”项目通过专家验收，并被评为优秀。
北京市自然科学基金建立的“负面清单”机制，为科研项目经费使用定下了一条“红线”，在以人为本的同时，辅以相应的监督机制，让科研人员走好经费使用的“平衡木”。自“包干制”方案印发以来，共实施科研项目近1400余项，累计覆盖约5000余名科研人员，支持经费约4.9亿元。