习近平总书记强调“强化国家科研机构、高水平研究型大学等引领作用，鼓励和规范发展新型研发机构，推动企业主导的产学研用深度融合，打通基础研究、应用开发、成果转化的创新链条。”北京围绕助力新型研发机构发展，深化体制机制创新，在全国率先形成了一批好的经验做法，推动诞生出一批基础研究领域的重大成果。
不久前，北京生命科学研究所的曹鹏团队历时9年时间研发的“遗传编码荧光探针系统”获得成功，这一成果为治疗帕金森病等疑难杂症提供了新的技术工具和治疗方法。在曹鹏看来，这得益于北京新型研发机构的全方位支撑。其中，长周期加里程碑的评估方式引入国际同行进行综合评估等新的绩效评价机制可以让自己潜心基础研究。
北京生命科学研究所高级研究员 曹鹏：北生所（北京生命科学研究所），它是一个新型研发机构。它给我们的研究所的PI（主要研究者）提供了非常稳定的科研支持，一旦有新的想法，我们就可以快速地去启动课题，去检验我们的想法，让我们有重大的科研的发现。
在北京脑科学与类脑研究所，罗敏敏团队研发出了“北脑一号”智能脑机系统，系统内的柔性高密度脑皮层电极实现了128个通道同时采集脑电波信号，创造了世界纪录。这一成果能够诞生，离不开北京新型研发机构创新出的全新治理模式和财政支持政策。
北京脑科学与类脑研究所所长 罗敏敏：北京市政府对北京脑所（北京脑科学与类脑研究所）非常支持，在这个支持之下，我们一方面有稳定的政府的支持，另外一方面，我们有很大的自由度来开展基础研究以及转化研究方面的这个工作。
屏幕中在蓝色背景上的绿色、红色、橙色、白色线条就是照相机拍摄出的148纳米连续波超窄线宽激光的干涉条纹。丁世谦团队经过4年时间，在全球首次将超稳激光技术推进到真空紫外波段。在丁世谦背后，是北京新型研发机构全新的引人育人用人机制。北京量子信息科学研究院打破了传统科研单位的体制约束，为丁世谦团队提供了物理、光学、电子工程等多领域专家紧密协作的环境。
清华大学副教授、北京量子信息科学研究院兼聘研究员 丁世谦：北京量子（信息科学研究）院在资金还有人员方面，给予了我们非常及时的支持，增强了我们团队的竞争力，极大促进了我们这个成果的产出。
2023年，《北京市支持世界一流新型研发机构高质量发展实施办法》正式出台，在治理模式、财政支持政策、绩效评价机制和引人育人用人机制这四方面进行机制创新，推动建设了一批世界一流的新型研发机构，有效支撑了我国高水平科技自立自强，也让北京在基础研究领域取得丰硕成果。
北京科学家获得国际重要基础研究奖项的累计数量从2021年的13项快速增长到2025年的25项。“十四五”期间入选中国科学十大进展的重大成果，半数由北京科学家牵头研发。2025年，北京科学家在《细胞》《自然》《科学》发表了340多篇论文，约占全国一半。《国际科技创新中心指数2025》显示，北京在反映基础研究水平的科学中心指数排名由2020年的全球第8位提升至2025年的全球第1位。